Qo`qon Davlat pedagogika instituti 1931 yilda o`qituvchilar tayyorlash instituti sifatida tashkil topgan. O`sha yillarda o`quv rejasidagi Jismoniy tarbaya darslari mahsus - o`rta ma`lumotli o`qituvchilar tomonidan o`tib borilgan bo`lsa, 1941 yilda Harbiy ta`lim kafedrasi tashkil topgach darslar va turli sport musobaqalari harbiy ta`lim o`qituvchilari tomonidan amalga oshirilgan.
    1954 yildan 1960 yilgacha bo`lgan davrda institutdagi jismoniy tarbiya darslarini olib borishga yoqori malakali o`qituvchilar H. A. Muhitdinov, V.N. Kifnidi, V.N. Nikonov, A.S. Xaimov kabilar jalb qilingan. O`sha yillarda jismoniy tarbiya va sport sektsiyasiga Z.S. Xolmetskaya rahbarlik qilgan.
    1961 yilda institutida alohida jismoniy tarbiya kafedrasining tashkil etilishi studentlar o`rtasida jismoniy tarbiya va ommaviy sport ishlarini jonlantirishda ijobiy rol o`ynadi. Uning mudirligiga dotsent S.A. Ushakov tayinlandi. Kafedra tarkibida jismoniy tarbiya va sport turlari bo`yicha V.N. Nikonov, F.D. Gasturin,A.I. Kisitsa, Yo.S. Skitov, Yo.P. Jarkov, U.T. Tursunov, M.A. Qalandarov, I.A. Evstafiadi kabi malakali pedagog – mutahasislar ish olib borganlar.
    1970 yilda yoqoridagi bo`lim bazasida mustaqil jismoniy tarbiya fakulteti tashkil etildi. Muayan yillarda jismoniy tarbiya fakultetiga dekanlik qilgan Z.S. Xolmetskaya, A.S. Xaimov, M.A. Qalandarov pedagogika fanlari nomzodlari U.T. Tursunov, A.A. Tolibjonovlar fakultetda o`quv-tarbiya jarayonini takomillashtirishga va institutda ommaviy sport ishlarini ko`chaytirishga, uning moddiy bazasini mustahkamlashga munosib hissa qo`shdilar. Mazkur fakultetni 1998 yildan buyon katta o`qituvchi R.M. Rasulov boshqarib kelmoqda.
    Fakultetda 3 kafedra: jismoniy tarbiya kafedrasi, jismoniy tarbiya nazariyasi va metodikasi kafedrasi, sport va sport kafedrasi faoliyat ko`rsatmoqda.